Sau khi Godzilla đánh bại Ghidorah thì cuộc sống trên Trái Đất cũng được trở về trạng thái cân bằng, Kong cũng được biết đến sau khi các nhà thám hiểm trở về từ Skull Island. và với tham vọng phục vụ mục đích nghiên cứu khoa học cũng như nỗ lực bảo vệ Kong trước Godzilla, con người đã nhốt Kong ở một khu nuôi dưỡng nhân tạo, vì “một nước không thể có hai vua” khi Kong giờ đây cũng trở thành một linh trưởng thực thụ.Cho đến một hôm Godzilla xuất hiện và tấn công trụ sở của một công ty công nghệ tên là Apex, điều này đã khiến con người lo ngại cho sự an toàn của con người với Godzilla, liệu cả hai còn chung sống hòa bình. và người đứng đầu Apex đã đề nghị với vị giáo sư địa chất về nguồn năng lượng Ở Trái Đất rỗng có thể sẽ giúp con người chống lại Godzilla và muốn Kong là người dẫn đường đến đó, vì chỉ có Titan mới nhận biết được đâu mới là lối về nhà. Nhưng mục đích thật sự chính Của Apex chính là khơi mào cuộc chiến giữa hai Titan để diệt trừ 1 và dùng MechaGodzilla tiêu diệt kẻ cuối cùng. Nhưng có vẻ như Apex đã sai lầm.